但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大。現(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實(shí)力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對(duì)大部分小本經(jīng)營(yíng)的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計(jì)存在問題或其他一些人為原因，運(yùn)行不充分或運(yùn)行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進(jìn)一步探討、完善。
工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)是以工業(yè)化手段主動(dòng)控制水環(huán)境，水資源消耗小、占地少、對(duì)環(huán)境污染小、產(chǎn)品優(yōu)質(zhì)安全、病害少、密度高、養(yǎng)殖生產(chǎn)不受地域或氣候的限制和影響，資源利用率高，是高投入高產(chǎn)出，低風(fēng)險(xiǎn)實(shí)現(xiàn)水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)可持續(xù)發(fā)展的重要途徑。工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖采取集約化生產(chǎn)方式，減少了人力成本，降低了餌料系數(shù)。10%的養(yǎng)殖面積產(chǎn)出百分百的產(chǎn)量，這僅僅是其優(yōu)勢(shì)之一，更加環(huán)保的養(yǎng)殖方式，也提高了養(yǎng)殖品種的品質(zhì)，可以獲得更好的產(chǎn)品售價(jià)和經(jīng)濟(jì)效益。消費(fèi)者對(duì)高品質(zhì)的水產(chǎn)品需求日益增長(zhǎng)，傳統(tǒng)養(yǎng)殖方式產(chǎn)出的水產(chǎn)品沒有太多的附加值空間，利潤(rùn)小，風(fēng)險(xiǎn)高，已經(jīng)很難適應(yīng)高端消費(fèi)者的需求。
目前普通的養(yǎng)殖技術(shù)都是基于自然或傳統(tǒng)養(yǎng)殖模式條件下魚類的生理活動(dòng)研究成果，但是在工廠化高密度條件下，魚類受到環(huán)境脅迫，生理狀況會(huì)有顯著變化，水生態(tài)環(huán)境更為單一，養(yǎng)殖技術(shù)應(yīng)有相應(yīng)的調(diào)整。我國(guó)目前在該領(lǐng)域的研究嚴(yán)重滯后于生產(chǎn)，無法提供成熟的養(yǎng)殖工藝，設(shè)施的效能不能得到發(fā)揮。部分配套技術(shù)的發(fā)展也不均衡，比如飼料品質(zhì)普遍較差，營(yíng)養(yǎng)轉(zhuǎn)移效率低且不穩(wěn)定，增加了設(shè)施系統(tǒng)的處理負(fù)荷，導(dǎo)致綜合效益下降。因此，需要針對(duì)工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的系統(tǒng)條件，研究發(fā)展配套的養(yǎng)殖技術(shù)。