循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點是解決氮循環(huán)的問題，要消除氨氮和亞硝/酸氮的影響。傳統(tǒng)的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應池，但由于反硝化作用需要在嚴格厭氧條件下進行，因此硝化作用反應池需要跟反硝化作用反應池分開，這就增加了循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的成本。前循環(huán)水養(yǎng)殖設備已實現工廠化生產，實現養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實現養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。
造成桃拉病毒滋生的主要原因就是養(yǎng)殖水的水質控制問題，使用外塘養(yǎng)殖模式到了一定時間，水質相對會比較差，這時候就會滋生各種各樣的病毒。廣州環(huán)控農業(yè)生物科技有限公司為了提高養(yǎng)殖水的質量，進行了長期的實驗和研究，結合循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和生物絮團養(yǎng)殖技術，打造了一個適合養(yǎng)殖對蝦的養(yǎng)殖模式。運用循環(huán)水養(yǎng)殖設備，可以有效改善水質環(huán)境，而且節(jié)約水能，同時可以進行高密度養(yǎng)殖對蝦，產量比外塘養(yǎng)殖要高出10倍有余。
20世紀90年代，在淡水養(yǎng)殖方面，隨著經濟的快速發(fā)展，全國各地興建了很多水產養(yǎng)殖示范區(qū)，建立了一批淡水魚類工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，但是其經濟性矛盾依然突出。而工廠化循環(huán)水苗種繁殖生產系統(tǒng)具有水環(huán)境可控、苗種質量高等優(yōu)點，適應了苗種生產的反季節(jié)性、水質條件要求高的特點，并且苗種的單位產值高，使之得到了一定程度的應用。以大菱鲆工廠化流水養(yǎng)殖為代表的海水工廠化養(yǎng)殖的大力推廣，隨之而來的是優(yōu)質水資源大量耗用，尤其是地下水資源，造成地下水位下降、地陷等諸多問題。“九五”以來，國家有關科研計劃大力支持海水工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的研究，并取得了重要的階段性成果。