目前我國(guó)平均每立方米的產(chǎn)量為7.4 公斤（淡水為8.2公斤、海水為6.4公斤），全國(guó)范圍循環(huán)水養(yǎng)殖發(fā)展力不足的特征仍較明顯。目前工廠化養(yǎng)殖的方式大體上分為流水養(yǎng)殖、半封閉循環(huán)水養(yǎng)殖和全封閉循環(huán)水養(yǎng)殖等三種形式。受水處理成本的壓力，仍主要以流水養(yǎng)殖、半封閉循環(huán)水養(yǎng)殖為主，真正意義上的全工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖工廠比例極少。我國(guó)工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖發(fā)展中存在的問題，主要還是受限于經(jīng)濟(jì)實(shí)力、產(chǎn)品市場(chǎng)、養(yǎng)殖品種、養(yǎng)殖規(guī)模、經(jīng)濟(jì)效益比等因素，主觀上還受限于養(yǎng)殖者對(duì)養(yǎng)殖技術(shù)的掌握和對(duì)先進(jìn)技術(shù)的利用。
20世紀(jì)90年代，在淡水養(yǎng)殖方面，隨著經(jīng)濟(jì)的快速發(fā)展，全國(guó)各地興建了很多水產(chǎn)養(yǎng)殖示范區(qū)，建立了一批淡水魚類工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，但是其經(jīng)濟(jì)性矛盾依然突出。而工廠化循環(huán)水苗種繁殖生產(chǎn)系統(tǒng)具有水環(huán)境可控、苗種質(zhì)量高等優(yōu)點(diǎn)，適應(yīng)了苗種生產(chǎn)的反季節(jié)性、水質(zhì)條件要求高的特點(diǎn)，并且苗種的單位產(chǎn)值高，使之得到了一定程度的應(yīng)用。以大菱鲆工廠化流水養(yǎng)殖為代表的海水工廠化養(yǎng)殖的大力推廣，隨之而來的是優(yōu)質(zhì)水資源大量耗用，尤其是地下水資源，造成地下水位下降、地陷等諸多問題?！熬盼濉币詠?，國(guó)家有關(guān)科研計(jì)劃大力支持海水工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的研究，并取得了重要的階段性成果。
我國(guó)工廠養(yǎng)殖目前受水處理成本的壓力，仍主要以流水養(yǎng)殖、半封閉循環(huán)水養(yǎng)殖為主，真正意義上的全封閉循環(huán)水養(yǎng)殖企業(yè)較少。流水養(yǎng)殖和半封閉養(yǎng)殖方式產(chǎn)量低（單位水體產(chǎn)量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，與先進(jìn)國(guó)家技術(shù)密集型的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)相比，在系統(tǒng)的循環(huán)水率、系統(tǒng)輔助水體的比率等關(guān)鍵性能方面基本接近國(guó)際水平，在設(shè)備、工藝、產(chǎn)量（先進(jìn)技術(shù)的產(chǎn)量達(dá)100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物凈化系統(tǒng)的構(gòu)建、凈化效率和穩(wěn)定性、系統(tǒng)集成度、系統(tǒng)穩(wěn)定性等方面仍存在著一定的差距。