我國工廠養(yǎng)殖目前受水處理成本的壓力，仍主要以流水養(yǎng)殖、半封閉循環(huán)水養(yǎng)殖為主，真正意義上的全封閉循環(huán)水養(yǎng)殖企業(yè)較少。流水養(yǎng)殖和半封閉養(yǎng)殖方式產(chǎn)量低（單位水體產(chǎn)量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，與先進國家技術(shù)密集型的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)相比，在系統(tǒng)的循環(huán)水率、系統(tǒng)輔助水體的比率等關(guān)鍵性能方面基本接近國際水平，在設(shè)備、工藝、產(chǎn)量（先進技術(shù)的產(chǎn)量達100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物凈化系統(tǒng)的構(gòu)建、凈化效率和穩(wěn)定性、系統(tǒng)集成度、系統(tǒng)穩(wěn)定性等方面仍存在著一定的差距。
生化模式凈水主要是靠硝化細(xì)菌，硝化細(xì)菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細(xì)菌掛膜需要濾材（細(xì)菌屋）；硝化細(xì)菌屬于好氧細(xì)菌，因此需要氧氣；硝化細(xì)菌繁殖還需要養(yǎng)分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細(xì)菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細(xì)菌，或者添加一些其他已經(jīng)掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統(tǒng)應(yīng)為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統(tǒng)要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。
主要目的是存水，以期在枯水期能有足夠的水源進行養(yǎng)殖而已。這種方式?jīng)]有考慮水體的循環(huán)利用，而純粹出于延長養(yǎng)殖周期。在此基礎(chǔ)上，有部分養(yǎng)殖場為了提高生產(chǎn)效率和應(yīng)對自然條件限制從而開始了半循環(huán)養(yǎng)殖方式。生物絮團是養(yǎng)殖水體中以好氧微生物為主體的有機體和無機物，經(jīng)生物絮凝形成的團聚物，由細(xì)菌、浮游動植物、有機碎屑和一些無機物質(zhì)相互絮凝組成。