高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設(shè)施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質(zhì)的檢測和疾病的預(yù)防都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學(xué)有效運行是多學(xué)科知識的綜合體現(xiàn)。研究調(diào)查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設(shè)施設(shè)備的作用、運行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。
但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大。現(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進一步探討、完善。
既然是養(yǎng)活物，非常核心的兩個問題，一個是用什么養(yǎng)？即養(yǎng)殖模式，一個是怎么養(yǎng)？養(yǎng)殖管理。養(yǎng)殖模式包括養(yǎng)殖技術(shù)和手段。而養(yǎng)殖管理談的是如何統(tǒng)籌、調(diào)動人、物、水，讓人盡其能，物盡其用，水盡其利。養(yǎng)殖技術(shù)沒什么好說的，養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展至今，技術(shù)必然已經(jīng)足夠成熟到可以支撐這個產(chǎn)業(yè)，而手段（循環(huán)水養(yǎng)殖）剛才也已經(jīng)說過了。但有一點是被大多數(shù)人有意或無意忽略了的問題，就是養(yǎng)殖管理。