生化模式凈水主要是靠硝化細菌，硝化細菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細菌掛膜需要濾材（細菌屋）；硝化細菌屬于好氧細菌，因此需要氧氣；硝化細菌繁殖還需要養(yǎng)分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細菌，或者添加一些其他已經(jīng)掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統(tǒng)應(yīng)為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統(tǒng)要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。
循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)一種新型的養(yǎng)殖模式，也叫工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)、室內(nèi)循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)。是一種通過水處理設(shè)備將養(yǎng)殖水凈化處理后再循環(huán)利用的一種養(yǎng)殖模式。工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)融入了生物學(xué)、工程學(xué)、流體力學(xué)、環(huán)境工程學(xué)、信息學(xué)等多種學(xué)科的知識，是一個多學(xué)科，多領(lǐng)域技術(shù)交叉，具有較強技術(shù)含量的系統(tǒng)。工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)是以工業(yè)化手段主動控制水環(huán)境。
水體的鹽度和硬度都能達到飽和進而析出，所以必須在系統(tǒng)內(nèi)部放置植物?？梢栽谒w內(nèi)放置水葫蘆、空心菜、浮萍等，也可以在硝化池種蔬菜比如西紅柿樹、地瓜樹、西瓜、土豆，矮化的果樹也是可以的。在水池內(nèi)放置水葫蘆則需要注意不能被魚吃掉了。這樣植物還會遮光，避免魚被日光照射，同時還能收獲大量蔬菜和魚食。整個系統(tǒng)是需要日光的，一來是植物光合作用消耗肥水無機鹽，再就是給水體加溫，應(yīng)盡可能的加大日光采集。