循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點是解決氮循環(huán)的問題，要消除氨氮和亞硝/酸氮的影響。傳統(tǒng)的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應(yīng)池，但由于反硝化作用需要在嚴(yán)格厭氧條件下進(jìn)行，因此硝化作用反應(yīng)池需要跟反硝化作用反應(yīng)池分開，這就增加了循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的成本。前循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備已實現(xiàn)工廠化生產(chǎn)，實現(xiàn)養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設(shè)備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學(xué)沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。
循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)一種新型的養(yǎng)殖模式，也叫工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)、室內(nèi)循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)。是一種通過水處理設(shè)備將養(yǎng)殖水凈化處理后再循環(huán)利用的一種養(yǎng)殖模式。工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)融入了生物學(xué)、工程學(xué)、流體力學(xué)、環(huán)境工程學(xué)、信息學(xué)等多種學(xué)科的知識，是一個多學(xué)科，多領(lǐng)域技術(shù)交叉，具有較強(qiáng)技術(shù)含量的系統(tǒng)。工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)是以工業(yè)化手段主動控制水環(huán)境。
但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大。現(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計存在問題或其他一些人為原因，運(yùn)行不充分或運(yùn)行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進(jìn)一步探討、完善。