但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計存在問題或其他一些人為原因，運(yùn)行不充分或運(yùn)行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進(jìn)一步探討、完善。
工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)不僅節(jié)能節(jié)水效果較好，而且還對防止養(yǎng)殖病害發(fā)生、實現(xiàn)養(yǎng)殖過程零用藥、提高產(chǎn)品質(zhì)量和經(jīng)濟(jì)效益發(fā)揮重要的作用。
目前普通的養(yǎng)殖技術(shù)都是基于自然或傳統(tǒng)養(yǎng)殖模式條件下魚類的生理活動研究成果，但是在工廠化高密度條件下，魚類受到環(huán)境脅迫，生理狀況會有顯著變化，水生態(tài)環(huán)境更為單一，養(yǎng)殖技術(shù)應(yīng)有相應(yīng)的調(diào)整。我國目前在該領(lǐng)域的研究嚴(yán)重滯后于生產(chǎn)，無法提供成熟的養(yǎng)殖工藝，設(shè)施的效能不能得到發(fā)揮。部分配套技術(shù)的發(fā)展也不均衡，比如飼料品質(zhì)普遍較差，營養(yǎng)轉(zhuǎn)移效率低且不穩(wěn)定，增加了設(shè)施系統(tǒng)的處理負(fù)荷，導(dǎo)致綜合效益下降。因此，需要針對工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的系統(tǒng)條件，研究發(fā)展配套的養(yǎng)殖技術(shù)。