杭州微流控芯片數(shù)字PCR如何選型

來源: 發(fā)布時間:2023-04-27

數(shù)字PCR也叫DigitalPCR(dPCR),是近幾年發(fā)展起來的一種核酸定量分析技術(shù)。相較于傳統(tǒng)熒光定量PCR來說,數(shù)字PCR對結(jié)果的判定不依賴于擴增曲線循環(huán)Ct值,不受擴增效率的影響,能夠直接讀出DNA的分子個數(shù),能夠?qū)ζ鹗紭颖竞怂岱肿?**定量。數(shù)字PCR基本原理是將一個樣本分成幾十到幾萬份,然后再將其分配到不同的反應(yīng)單元中,使每個微滴單元包含一個或多個拷貝的核酸分子(即DNA模板),每個單元都會對目標分子進行擴增,然后再對每個單元進行熒光信號的統(tǒng)計并計算。相對而言,傳統(tǒng)PCR或qPCR反應(yīng)都是發(fā)生于同一體系當中,這也是數(shù)字PCR與其比較大的區(qū)別。檢測數(shù)量一次可達96個樣品。杭州微流控芯片數(shù)字PCR如何選型

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要了解為什么傳統(tǒng)PCR存在限制,務(wù)必要了解PCR反應(yīng)過程中發(fā)生了什么?;綪CR運行可以分為三個階段:指數(shù)期每個循環(huán)積聚的產(chǎn)物準確加倍(假定**反應(yīng)效率)。該反應(yīng)具有高度特異性和精確度。出現(xiàn)指數(shù)式擴增,因為所有試劑均新鮮可用,反應(yīng)的動力學推動反應(yīng)有利于擴增子加倍。線性期(高變異性)隨著反應(yīng)繼續(xù),一些試劑因擴增而被消耗。反應(yīng)開始減緩,并且每個循環(huán)的PCR產(chǎn)物不再加倍。平臺期(終點:使用傳統(tǒng)方法進行凝膠檢測)反應(yīng)停止,不再產(chǎn)生更多產(chǎn)物,并且如果放置時間夠長,PCR產(chǎn)物將開始降解。因為每個樣品具有不同的反應(yīng)動力學,所以每支試管或每個反應(yīng)將在不同的時間點進入平臺期。在平臺期可以看到這些差異。在平臺期內(nèi),傳統(tǒng)PCR進行測量,又稱為終點檢測。廣州廣州永諾數(shù)字PCR品牌流式檢測,順序逐一檢測每個微滴,無熒光交叉干擾,微滴陰性陽性判讀準確。

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研究方向基因表達差異研究檢測時完全不依賴傳統(tǒng)的Ct值即可實現(xiàn)真正意義上的***定量,從而提供了比實時熒光定量PCR更精確的基因差異表達研究,尤其對于那些靶基因表達差異微小的情況:microRNA、lncRNAs等的表達分析、等位基因的不平衡表達、單細胞基因表達分析、Exosome內(nèi)核酸分子定量分析等。拷貝數(shù)變異(CNV)研究微滴化的樣品處理及檢測,這種擺脫Ct值的計算方法而直接獲取目標基因的***拷貝數(shù),為拷貝數(shù)變異的研究提供了***的檢測精度。是其他諸如二代測序、芯片雜交等平臺無法達到的,因此采用數(shù)字PCR能夠有效對NGS、aCGH的實驗結(jié)果進行驗證,并具有成本低、通量高的特點。

dPCR的基本原理目前dPCR主要有兩種形式,芯片式和液滴式,但基本原理都是將大量稀釋后的核酸溶液分散至芯片的微反應(yīng)器或微滴中,每個反應(yīng)器的核酸模板數(shù)少于或者等于1個。這樣經(jīng)過PCR循環(huán)之后,有一個核酸分子模板的反應(yīng)器就會給出熒光信號,沒有模板的反應(yīng)器就沒有熒光信號。根據(jù)相對比例和反應(yīng)器的體積,就可以推算出原始溶液的核酸濃度??梢允褂脦追N不同的方法來分配樣品,包括微孔板,毛細管,油乳劑和帶有核酸結(jié)合表面的小型化腔室陣列。樣品的分配使人們可以通過假設(shè)分子種群遵循泊松分布來估計不同分子的數(shù)量,根據(jù)泊松分布的原理,反應(yīng)體系中目標分子的拷貝數(shù)可以通過公式A=-ln[(N-X)/N]*N計算,從而解決了多個目標分子存在于單個液滴中的可能性。線性范圍達到6個數(shù)量級,靈敏度高達萬分之一。

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目前數(shù)字PCR技術(shù)在臨床領(lǐng)域已經(jīng)有著非常***且***地應(yīng)用,例如在病原微生物檢測中的應(yīng)用:HBV檢測、HIV檢測、甲型流感病毒檢測等;在產(chǎn)前診斷中的應(yīng)用:13/18/21號染色體三倍體檢測、遺傳性耳聾檢測、地中海貧血檢測及優(yōu)生五項的病毒檢測等;在**靶向***相關(guān)基因檢測中的應(yīng)用:肺*EGFR基因突變、ALK基因融合檢測、結(jié)直腸*KRAS、BRAF基因突變檢測、乳腺*HER2基因 擴增檢測、神經(jīng)膠質(zhì)瘤IDH基因突變檢測等。以**靶向***相關(guān)基因檢測為例,在**形成的超早期,會出現(xiàn)**細胞的壞死和凋亡,這些凋亡或壞死的**細胞會釋放其DNA進入外周血,因此通過分析循環(huán)血液中是否含有**特異的游離DNA就可以達到**早期篩查的目的。然而此時DNA含量極低,對檢測的靈敏度和精確性要求極高,目前只有數(shù)字PCR技術(shù)可以檢測出來。另外進行個體化***時,需要對基因組樣本進行分析,此時利用數(shù)字PCR技術(shù)也能**提高結(jié)果的可信性,進而建立合理***方案。采用微滴式技術(shù)高達100,000個的微滴。蘇州MicroDrop-100數(shù)字PCR報價

轉(zhuǎn)基因食品檢測(國標)。杭州微流控芯片數(shù)字PCR如何選型

二代測序輔助建庫目前靶向測序建庫方法包括擴增子方法,在均相溶液中,當擴增引物增加時,由于擴增引物之間的相互作用,從而影響擴增的效率;如果將其分散到大量微液滴中擴增,將可降低引物間相互作用,提高擴增效率。同時還可以實現(xiàn)對于少量模板的有效擴增,得到更多的有效測序數(shù)據(jù)。CRISPR-Cas9基因編輯結(jié)果驗證CRISPR-Cas9技術(shù)的發(fā)明,是基因編輯技術(shù)的一大突破,但如何驗證實驗是否成功,仍需要高靈敏度的檢測方法,數(shù)字PCR技術(shù)可以滿足這一需求。Broad研究所張鋒團隊發(fā)明了以CRISPR為基礎(chǔ)的SHERLOCK技術(shù)可以對核酸進行高靈敏度的定性檢測,但精確定量評估時仍采取了數(shù)字PCR進行確認。杭州微流控芯片數(shù)字PCR如何選型

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