珠海血液PCR檢測(cè)技術(shù)研究方案

Real-time PCR雙熒光標(biāo)記探針設(shè)計(jì)原則：具體的其他要求可以具體聯(lián)系設(shè)計(jì)公司，拿到合成好的引物，需要先確認(rèn)引物的性能?？梢杂眠@對(duì)引物先擴(kuò)增梯度稀釋后的標(biāo)準(zhǔn)品（標(biāo)準(zhǔn)品介紹見(jiàn)后續(xù)內(nèi)容）。由不同梯度標(biāo)準(zhǔn)品的加量和其對(duì)應(yīng)的Ct值，描繪出一條標(biāo)準(zhǔn)曲線。這里要注意根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線得到的參數(shù)是非常重要的。引物性能確認(rèn)：1.決定系數(shù)R2大于0.98，越接近于1，結(jié)果越可靠。2.擴(kuò)增效率一般要求在0.8-1.2，越接近于1，越好。3.檢測(cè)的靈敏度，必須確認(rèn)，通常要求35個(gè)循環(huán)以內(nèi)，一般可以得到比較好的定量結(jié)果，30個(gè)循環(huán)以內(nèi)，沒(méi)有非特異性擴(kuò)增產(chǎn)生。4.NTC是必須要確認(rèn)的，通常要求30個(gè)循環(huán)內(nèi)沒(méi)有引物二聚體產(chǎn)生。聚合酶鏈反應(yīng)可以用于分析病癥、微生物或其他疾病狀態(tài)中基因表達(dá)水平的變化。珠海血液PCR檢測(cè)技術(shù)研究方案

Real-time PCR：基線（baseline)：通常是3－15個(gè)循環(huán)的熒光信號(hào)，同一次反應(yīng)中針對(duì)不同的基因需單獨(dú)設(shè)置基線。閾值（threshold)：自動(dòng)設(shè)置是3-15個(gè)循環(huán)的熒光信號(hào)的標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍。手動(dòng)設(shè)置：置于指數(shù)擴(kuò)增期，剛好可以清楚地看到熒光信號(hào)明顯增強(qiáng)。同一次反應(yīng)中針對(duì)不同的基因可單獨(dú)設(shè)置閾值，但對(duì)于同一個(gè)基因擴(kuò)增一定要用同一個(gè)閾值。Ct值：與起始濃度的對(duì)數(shù)成線性關(guān)系，分析定量時(shí)候一般取Ct:15-35.太大或者太小都會(huì)導(dǎo)致定量的不準(zhǔn)確。相對(duì)定量：通過(guò)與內(nèi)參基因Ct值之間的相差來(lái)計(jì)算基因之間的表達(dá)差異,一般是2-△△Ct?；蛘呤强紤]擴(kuò)增效率的Pfaffl法。鹽城骨頭RT-PCR檢測(cè)技術(shù)實(shí)時(shí)熒光定量PCR是一種在DNA擴(kuò)增反應(yīng)中，以熒光化學(xué)物質(zhì)測(cè)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)循環(huán)后產(chǎn)物總量的方法。

為了便于對(duì)所檢測(cè)樣本進(jìn)行比較，在real-timeQ-PCR反應(yīng)的指數(shù)期，首先需設(shè)定一定熒光信號(hào)的域值，一般這個(gè)域值（threshold）是以PCR反應(yīng)的前15個(gè)循環(huán)的熒光信號(hào)作為熒光本底信號(hào)（baseline），熒光域值的缺省設(shè)置是3～15個(gè)循環(huán)的熒光信號(hào)的標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍。如果檢測(cè)到熒光信號(hào)超過(guò)域值被認(rèn)為是真正的信號(hào)，它可用于定義樣本的域值循環(huán)數(shù)（Ct）。Ct值的含義是：每個(gè)反應(yīng)管內(nèi)的熒光信號(hào)達(dá)到設(shè)定的域值時(shí)所經(jīng)歷的循環(huán)數(shù)。研究表明，每個(gè)模板的Ct值與該模板的起始拷貝數(shù)的對(duì)數(shù)存在線性關(guān)系，起始拷貝數(shù)越多，Ct值越小。利用已知起始拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)品可作出標(biāo)準(zhǔn)曲線，因此只要獲得未知樣品的Ct值，即可從標(biāo)準(zhǔn)曲線上計(jì)算出該樣品的起始拷貝數(shù)。

Real-time PCR-傳統(tǒng)定量PCR：1）內(nèi)參照法：在不同的PCR反應(yīng)管中加入已定量的內(nèi)標(biāo)和引物，內(nèi)標(biāo)用基因工程方法合成。上游引物用熒光標(biāo)記，下游引物不標(biāo)記。在模板擴(kuò)增的同時(shí)，內(nèi)標(biāo)也被擴(kuò)增。在PCR產(chǎn)物中，由于內(nèi)標(biāo)與靶模板的長(zhǎng)度不同，二者的擴(kuò)增產(chǎn)物可用電泳或高效液相分離開(kāi)來(lái)，分別測(cè)定其熒光強(qiáng)度，以內(nèi)標(biāo)為對(duì)照定量待檢測(cè)模板。2）競(jìng)爭(zhēng)法：選擇由突變克隆產(chǎn)生的含有一個(gè)新內(nèi)切位點(diǎn)的外源競(jìng)爭(zhēng)性模板。在同一反應(yīng)管中，待測(cè)樣品與競(jìng)爭(zhēng)模板用同一對(duì)引物同時(shí)擴(kuò)增（其中一個(gè)引物為熒光標(biāo)記）。實(shí)時(shí)熒光定量PCR是目前確定樣品中DNA(或cDNA)拷貝數(shù)較敏感、較準(zhǔn)確的方法。

Real-time PCR：所謂Real-time PCR技術(shù)，是指在PCR反應(yīng)體系中加入螢光基團(tuán)，利用螢光信號(hào)累積實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)PCR進(jìn)程，之后通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)未知模板進(jìn)行定量分析的方法。利用螢光信號(hào)的變化實(shí)時(shí)檢測(cè)PCR擴(kuò)增反應(yīng)中每一個(gè)循環(huán)擴(kuò)增產(chǎn)物量的變化，通過(guò)Ct值和標(biāo)準(zhǔn)曲線的分析對(duì)起始模板進(jìn)行定量分析。Real-time PCR技術(shù)即實(shí)時(shí)螢光定量PCR避免了傳統(tǒng)PCR以終產(chǎn)物監(jiān)測(cè)定量產(chǎn)生的偏差，提高實(shí)驗(yàn)的重複性。該技術(shù)已經(jīng)被普遍用于監(jiān)測(cè)細(xì)胞mRNA表達(dá)量的變化；比較不同組織的mRNA表達(dá)差異；驗(yàn)證基因晶片，siRNA干擾的實(shí)驗(yàn)結(jié)果?，F(xiàn)在有些PCR因?yàn)閿U(kuò)增區(qū)很短，即使Taq酶活性不是很好也能在很短的時(shí)間內(nèi)復(fù)制完成。鹽城骨頭RT-PCR檢測(cè)技術(shù)

像所有酶一樣，DNA聚合酶也容易出錯(cuò)，這反過(guò)來(lái)會(huì)導(dǎo)致產(chǎn)生的PCR片段發(fā)生突變。珠海血液PCR檢測(cè)技術(shù)研究方案

Real-time PCR鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的常見(jiàn)問(wèn)題：靶序列變異：如靶序列發(fā)生突變或缺失，影響引物與模板特異性結(jié)合，或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補(bǔ)序列，其PCR擴(kuò)增是不會(huì)成功的。假陽(yáng)性：出現(xiàn)的PCR擴(kuò)增條帶與目的靶序列條帶一致，有時(shí)其條帶更整齊，亮度更高。引物設(shè)計(jì)不合適：選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性，因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí)，擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出現(xiàn)假陽(yáng)性。需重新設(shè)計(jì)引物。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶：PCR擴(kuò)增有時(shí)出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過(guò)多或酶的質(zhì)量差，dNTP濃度過(guò)高，Mg2+濃度過(guò)高，退火溫度過(guò)低，循環(huán)次數(shù)過(guò)多引起。其對(duì)策有：減少酶量，或調(diào)換另一來(lái)源的酶。②減少dNTP的濃度。適當(dāng)降低Mg2+濃度。增加模板量，減少循環(huán)次數(shù)。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)準(zhǔn)備：PCR所用的酶主要有兩種來(lái)源：Taq和Pfu，分別來(lái)自兩種不同的噬熱菌。珠海血液PCR檢測(cè)技術(shù)研究方案

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