Real-time PCR:所謂Real-time PCR技術,是指在PCR反應體系中加入螢光基團,利用螢光信號累積實時監(jiān)測整個PCR進程,之后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。利用螢光信號的變化實時檢測PCR擴增反應中每一個循環(huán)擴增產物量的變化,通過Ct值和標準曲線的分析對起始模板進行定量分析。Real-time PCR技術即實時螢光定量PCR避免了傳統(tǒng)PCR以終產物監(jiān)測定量產生的偏差,提高實驗的重複性。該技術已經被普遍用于監(jiān)測細胞mRNA表達量的變化;比較不同組織的mRNA表達差異;驗證基因晶片,siRNA干擾的實驗結果。Real-time PCR在實驗過程中為了防止非特異性擴增,必須設陰性對照。深圳骨頭數字PCR服務
PCR的反應條件:dNTP濃度過高會加快反應速度,但同時還可以增加堿基的錯誤摻入率。引物濃度過高會引起錯配和非特異性產物擴增。TaqDNA聚合酶濃度過高會引起錯配和非特異性產物擴增,低則合成產物量減少。TaqDNA聚合酶無校正功能,摻入錯誤率達2*E-4個核苷酸,一個30個循環(huán)的擴增反應0.1%-0.25%總錯誤率。在90~95度下可使整個基因組的DNA變性為單鏈。一般94~95度30~60s。時間過長使TaqDNA聚合酶失活和dNTP破壞增多。DNA很快冷卻到40~60度使引物和模板結合。引物長度在15~25時退火溫度。熱啟動/冷完成聚合酶鏈反應是通過新的雜合聚合酶實現的,這些酶在環(huán)境溫度下不活躍。蘇州特殊樣本熒光定量PCR哪家好Real-time PCR是在PCR擴增過程中,通過熒光信號,對PCR進程進行實時檢測。
Real-time PCR螢光染料摻入法:在PCR反應體系中,加入過量SYBR螢光染料,SYBR螢光染料特異性地摻入DNA雙鏈后,發(fā)射螢光信號,而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發(fā)射任何螢光信號,從而保證螢光信號的增加與PCR產物的增加完全同步。此方法適用于:1、靈敏度高:使用SYBR可使螢光效果增強到1000倍以上。2、通用性好,不需要設計探針,方法簡便,省時,價格低廉。3、通用型方法,在國內外科研中普遍使用。4、高通量大規(guī)模的定量PCR檢測。5、專一性要求不高的定量PCR檢測。
Real-time PCR實驗常用的RNA酶抑制劑:1.焦磷酸二乙酯(DEPC):是一種強烈但不徹底的RNA酶抑制劑。它通過和RNA酶的活性基團組氨酸的咪唑環(huán)結合使蛋白質變性,從而抑制酶的活性。2.異硫氰酸胍:目前被認為是較有效的RNA酶抑制劑,它在裂解組織的同時也使RNA酶失活。它既可破壞細胞結構使核酸從蛋白中解離出來,又對RNA酶有強烈的變性作用。3.氧釩核糖核苷復合物:由氧化釩離子和核苷形成的復合物,它和RNA酶結合形成過渡態(tài)類物質,幾乎能完全抑制RNA酶的活性。4.RNA酶的蛋白抑制劑(RNasin):從大鼠肝或人胎盤中提取得來的酸性糖蛋白。RNasin是RNA酶的一種非競爭性抑制劑,可以和多種RNA酶結合,使其失活。5.其它:SDS、尿素、硅藻土等對RNA酶也有一定抑制作用?,F在有些PCR因為擴增區(qū)很短,即使Taq酶活性不是很好也能在很短的時間內復制完成。
內標在傳統(tǒng)定量中的作用,由于傳統(tǒng)定量方法都是終點檢測,即PCR到達平臺期后進行檢測,而PCR經過對數期擴增到達平臺期時,檢測重現性極差。同一個模板在96孔PCR儀上做96次重復實驗,所得結果有很大差異,因此無法直接從終點產物量推算出起始模板量。加入內標后,可部分消除終產物定量所造成的不準確性。但即使如此,傳統(tǒng)的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。內標對定量PCR的影響,若在待測樣品中加入已知起始拷貝數的內標,則PCR反應變?yōu)殡p重PCR,雙重PCR反應中存在兩種模板之間的干擾和競爭,尤其當兩種模板的起始拷貝數相差比較大時,這種競爭會表現得更為明顯。但由于待測樣品的起始拷貝數是未知的,所以無法加入合適數量的已知模板作為內標。也正是這個原因,傳統(tǒng)定量方法雖然加入內標,但仍然只是一種半定量的方法。因為Real-time PCR的檢測靈敏度比較高,所以相應的對引物設計的要求就很高。廣州骨頭RT-PCR檢測技術設計公司
熱啟動聚合酶鏈式反應:一種在PCR的初始建立階段減少非特異性擴增的技術。深圳骨頭數字PCR服務
Real-time PCR探針法適用于:1、具有高適應性和可靠性,實驗結果穩(wěn)定重複性好,特異性更高。2、適用于擴增序列專一的體系的檢測。3、樣品中靶基因含量過低的定量PCR檢測。4、靶基因的特異序列較短,無論怎樣較佳化引物設計條件都不能解決。5、存在與靶基因同源的序列,在PCR中容易出現非特異性擴增,對特異性要求較高的定量。6、普遍用于人類傳染病的診斷和病原定量,在動物病原體基因的檢測,畜禽產品的檢驗檢疫,生物製品的鑒定。Real-time PCR探針法:PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的螢光探針,該探針為一寡核苷酸,兩端分別標記一個報告螢光基團和一個淬滅螢光基團。探針完整時,報告基團發(fā)射的螢光信號被淬滅基團吸收;PCR擴增時,Taq酶的5’-3’外切酶活性將探針酶切降解,使報告螢光基團和淬滅螢光基團分離,從而螢光監(jiān)測系統(tǒng)可接收到螢光信號,即每擴增一條DNA鏈,就有一個螢光分子形成,實現了螢光信號的累積與PCR產物形成完全同步。深圳骨頭數字PCR服務
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