Real-time PCR-傳統(tǒng)定量PCR:1)內(nèi)參照法:在不同的PCR反應(yīng)管中加入已定量的內(nèi)標(biāo)和引物,內(nèi)標(biāo)用基因工程方法合成。上游引物用熒光標(biāo)記,下游引物不標(biāo)記。在模板擴(kuò)增的同時,內(nèi)標(biāo)也被擴(kuò)增。在PCR產(chǎn)物中,由于內(nèi)標(biāo)與靶模板的長度不同,二者的擴(kuò)增產(chǎn)物可用電泳或高效液相分離開來,分別測定其熒光強(qiáng)度,以內(nèi)標(biāo)為對照定量待檢測模板。2)競爭法:選擇由突變克隆產(chǎn)生的含有一個新內(nèi)切位點(diǎn)的外源競爭性模板。在同一反應(yīng)管中,待測樣品與競爭模板用同一對引物同時擴(kuò)增(其中一個引物為熒光標(biāo)記)。定量聚合酶鏈反應(yīng)或者實時聚合酶鏈反應(yīng)不要與逆轉(zhuǎn)錄允許估計樣品中存在的給定序列的量。南京骨頭熒光PCR服務(wù)
Real-time PCR操作流程:1、收集樣品。2相關(guān)試劑總RNA提取試劑TREzolReagent(RNA提取試劑),M-MLV(cDNA逆轉(zhuǎn)錄酶),RNA純化試劑,RealqPCRMasterMix(螢光定量PCR預(yù)混試劑)。3實驗儀器螢光定量PCR儀;PCR儀;低溫離心機(jī)。4總RNA提取。5cDNA合成在0.5ml的離心管中加入1µl模板總RNA(1µg/µl);Real-time PCR操作流程:2µl隨機(jī)引物(T18,10pmol/ul);2µl10mMdNTPmix;加水至15µl體系。混勻后70℃變性RNA5分鐘,冰上速冷1分鐘,離心將溶液收集至管底加入6µl5×PCRbuffer;1µlRNaseout;1µlM-MLVRT;加水至30µl體系。PCR儀中反應(yīng)條件設(shè)定37℃延伸60min,70℃保溫15min終止反應(yīng)。合成好的cDNA置于-20℃保存?zhèn)溆?。常州血液RT-PCR檢測技術(shù)服務(wù)通過使用本產(chǎn)品,可以在更短的時間內(nèi),簡便、低成本地進(jìn)行Real-time PCR檢測。
Real-time PCR鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的常見問題:靶序列變異:如靶序列發(fā)生突變或缺失,影響引物與模板特異性結(jié)合,或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補(bǔ)序列,其PCR擴(kuò)增是不會成功的。假陽性:出現(xiàn)的PCR擴(kuò)增條帶與目的靶序列條帶一致,有時其條帶更整齊,亮度更高。引物設(shè)計不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時,擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計引物。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶:PCR擴(kuò)增有時出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差,dNTP濃度過高,Mg2+濃度過高,退火溫度過低,循環(huán)次數(shù)過多引起。其對策有:減少酶量,或調(diào)換另一來源的酶。②減少dNTP的濃度。適當(dāng)降低Mg2+濃度。增加模板量,減少循環(huán)次數(shù)。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)準(zhǔn)備:PCR所用的酶主要有兩種來源:Taq和Pfu,分別來自兩種不同的噬熱菌。
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)生物學(xué)研究的歷史中占據(jù)了重要的地位。以此為基礎(chǔ)發(fā)展出包括Real-time PCR在內(nèi)的多項應(yīng)用技術(shù)。自誕生后Real-time PCR技術(shù)持續(xù)發(fā)展,從簡單的增擴(kuò)到整個PCR過程,Real-time PCR表現(xiàn)出比PCR更敏感、更明確的定量分析特性和對識別等位基因的能力。不少人以為real-time就是意味著可以在顯示器上看到每個循環(huán)增擴(kuò)曲線的增長。事實并非如此,早期的軟件不能在運(yùn)行期間提供可視化的增擴(kuò)曲線。主要是因為SDS軟件采用整個平臺較終的數(shù)據(jù)執(zhí)行數(shù)據(jù)分析工作,而不是分析每個單獨(dú)的反應(yīng)循環(huán)。對某些設(shè)備來說,必須向分析軟件提供實時的數(shù)據(jù),有些設(shè)備則不需要。前一種設(shè)備允許軟件實時跟蹤每個加樣口的增擴(kuò)曲線,同時顯示在電腦屏幕上。Real-time PCR技術(shù)已經(jīng)被普遍用于監(jiān)測細(xì)胞mRNA表達(dá)量的變化。
Real-time PCR鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的特點(diǎn):靈敏度高:PCR產(chǎn)物的生成量是以指數(shù)方式增加的,能將皮克(pg=10-12)量級的起始待測模板擴(kuò)增到微克(μg=-6)水平。能從100萬個細(xì)胞中檢出一個靶細(xì)胞;在病毒的檢測中,PCR的靈敏度可達(dá)3個RFU(空斑形成單位);在細(xì)菌學(xué)中很小檢出率為3個細(xì)菌。簡便、快速:PCR反應(yīng)用耐高溫的TaqDNA聚合酶,一次性地將反應(yīng)液加好后,即在DNA擴(kuò)增液和水浴鍋上進(jìn)行變性-退火-延伸反應(yīng),一般在2~4小時完成擴(kuò)增反應(yīng)。擴(kuò)增產(chǎn)物一般用電泳分析,不一定要用同位素,無放射性污染、易推廣。純度要求低:不需要分離病毒或細(xì)菌及培養(yǎng)細(xì)胞,DNA粗制品及RNA均可作為擴(kuò)增模板??芍苯佑门R床標(biāo)本如血液、體腔液、洗嗽液、毛發(fā)、細(xì)胞、活組織等DNA擴(kuò)增檢測。武漢微量Real-time PCR供應(yīng)商聚合酶鏈反應(yīng)的試劑應(yīng)分配到一次性的等分試樣中。因為Real-time PCR的檢測靈敏度比較高,所以相應(yīng)的對引物設(shè)計的要求就很高。莆田組織數(shù)字PCR設(shè)計公司
Real-time PCR在實驗過程中要防止RNA的降解。南京骨頭熒光PCR服務(wù)
引物的設(shè)計對于這個實驗至關(guān)重要,因為Real-time PCR的檢測靈敏度比較高,所以相應(yīng)的對引物設(shè)計的要求就很高。普通的要求規(guī)則大家都知道,還有幾點(diǎn)必須注意:1,引物的錯配率(引物錯配形成引物二聚體,但是SYBR照樣能嵌入進(jìn)去,結(jié)果導(dǎo)致實驗結(jié)果的誤差很大,重復(fù)性也不好)。2,引物的特異性一定要高(不像常規(guī)PCR,引物同源性不高,只要兩條產(chǎn)物的片段長度相差足夠大,在電泳的時候能夠區(qū)分開就可以。Real-time PCR只有在熔解曲線的時候能分開,所以這就造成整個實驗結(jié)果誤差很大,不可信)。南京骨頭熒光PCR服務(wù)
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