養(yǎng)殖過程中產(chǎn)生的殘餌、糞便，有部分無法通過換水排出而吸附在池壁池底。洗池對于排出養(yǎng)殖池底的污物有一定效果。無死角的養(yǎng)殖池形狀結(jié)合向中央傾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。當同一個養(yǎng)魚池中魚的大小、強弱不一時，會嚴重影響魚的生長速度，因而，養(yǎng)殖過程中必須按時進行大小分選。魚的大小分選不僅可以防止互殘（半滑舌鰨的互殘的情況很少發(fā)生），而且便于進行管理，尤其是幼魚，幼魚生長比較快，分選和不分選，幼魚的生長、死亡率和餌料的利用率相差很大。但要盡可能減少分養(yǎng)次數(shù)，過多次數(shù)的分養(yǎng)會使魚體受傷，增加魚的應激反應。
循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點是解決氮循環(huán)的問題，要消除氨氮和亞硝/酸氮的影響。傳統(tǒng)的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應池，但由于反硝化作用需要在嚴格厭氧條件下進行，因此硝化作用反應池需要跟反硝化作用反應池分開，這就增加了循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的成本。前循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備已實現(xiàn)工廠化生產(chǎn)，實現(xiàn)養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設(shè)備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。
生物絮團技術(shù)是指通過操控水體營養(yǎng)結(jié)構(gòu)，向水體中添加有機碳物質(zhì)，調(diào)節(jié)水體中的C/N比，促進水體中異養(yǎng)細菌的繁殖，利用微生物同化無機氮，將水體中的氨氮等養(yǎng)殖代謝產(chǎn)物轉(zhuǎn)化成細菌自身成分。并且通過細菌絮凝成顆粒物質(zhì)被養(yǎng)殖動物所攝食，起到維持水環(huán)境穩(wěn)定、減少換水量、提升動物免疫力、提高養(yǎng)殖成活率、增加產(chǎn)量和降低飼料系數(shù)等作用的一項技術(shù)，它被認為是解決水產(chǎn)養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)發(fā)展所面臨的環(huán)境制約和飼料成本的有效替代技術(shù)。