但目前來(lái)看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問(wèn)題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實(shí)力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對(duì)大部分小本經(jīng)營(yíng)的養(yǎng)殖戶（單位）來(lái)說(shuō)是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計(jì)存在問(wèn)題或其他一些人為原因，運(yùn)行不充分或運(yùn)行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進(jìn)一步探討、完善。
對(duì)于所有養(yǎng)殖石斑魚(yú)的養(yǎng)殖戶來(lái)說(shuō)，能夠一下解決以上所有問(wèn)題的方法就是采用室內(nèi)循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備養(yǎng)殖石斑魚(yú)，室內(nèi)循環(huán)水養(yǎng)殖也稱工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖，能夠很好的避免低溫對(duì)養(yǎng)殖石斑魚(yú)的影響。循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備能夠*大化改善養(yǎng)殖水的水質(zhì)問(wèn)題，避免水體環(huán)境的惡化，降低有害病菌的滋生，保證石斑魚(yú)健康成長(zhǎng)。
我國(guó)工廠養(yǎng)殖目前受水處理成本的壓力，仍主要以流水養(yǎng)殖、半封閉循環(huán)水養(yǎng)殖為主，真正意義上的全封閉循環(huán)水養(yǎng)殖企業(yè)較少。流水養(yǎng)殖和半封閉養(yǎng)殖方式產(chǎn)量低（單位水體產(chǎn)量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，與先進(jìn)國(guó)家技術(shù)密集型的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)相比，在系統(tǒng)的循環(huán)水率、系統(tǒng)輔助水體的比率等關(guān)鍵性能方面基本接近國(guó)際水平，在設(shè)備、工藝、產(chǎn)量（先進(jìn)技術(shù)的產(chǎn)量達(dá)100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物凈化系統(tǒng)的構(gòu)建、凈化效率和穩(wěn)定性、系統(tǒng)集成度、系統(tǒng)穩(wěn)定性等方面仍存在著一定的差距。