高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設(shè)施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質(zhì)的檢測和疾病的預(yù)防都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學(xué)有效運行是多學(xué)科知識的綜合體現(xiàn)。研究調(diào)查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設(shè)施設(shè)備的作用、運行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。
20世紀90年代，在淡水養(yǎng)殖方面，隨著經(jīng)濟的快速發(fā)展，全國各地興建了很多水產(chǎn)養(yǎng)殖示范區(qū)，建立了一批淡水魚類工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，但是其經(jīng)濟性矛盾依然突出。而工廠化循環(huán)水苗種繁殖生產(chǎn)系統(tǒng)具有水環(huán)境可控、苗種質(zhì)量高等優(yōu)點，適應(yīng)了苗種生產(chǎn)的反季節(jié)性、水質(zhì)條件要求高的特點，并且苗種的單位產(chǎn)值高，使之得到了一定程度的應(yīng)用。以大菱鲆工廠化流水養(yǎng)殖為代表的海水工廠化養(yǎng)殖的大力推廣，隨之而來的是優(yōu)質(zhì)水資源大量耗用，尤其是地下水資源，造成地下水位下降、地陷等諸多問題?！熬盼濉币詠?，國家有關(guān)科研計劃大力支持海水工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的研究，并取得了重要的階段性成果。
20世紀80年代，國外的工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)施和技術(shù)開始進入中國，當(dāng)時各地花巨資共引進了西德和丹麥約30余套循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)施，但由于高昂的投入和運行成本，上述設(shè)施很快便被束之高閣。1988年，中國水產(chǎn)科學(xué)研究院漁業(yè)機械儀器研究所在吸收消化國外技術(shù)的基礎(chǔ)上，設(shè)計了國內(nèi)第壹個生產(chǎn)性的工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖車間。隨著養(yǎng)殖業(yè)和物流的迅速發(fā)展，北方冬季的吃魚問題得到很大改善。隨著北方魚價的大幅下跌，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的經(jīng)濟性受到了嚴重的質(zhì)疑，加上技術(shù)上的不成熟，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的發(fā)展進入了低谷。