但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術路線有待進一步探討、完善。
目前普通的養(yǎng)殖技術都是基于自然或傳統(tǒng)養(yǎng)殖模式條件下魚類的生理活動研究成果，但是在工廠化高密度條件下，魚類受到環(huán)境脅迫，生理狀況會有顯著變化，水生態(tài)環(huán)境更為單一，養(yǎng)殖技術應有相應的調(diào)整。我國目前在該領域的研究嚴重滯后于生產(chǎn)，無法提供成熟的養(yǎng)殖工藝，設施的效能不能得到發(fā)揮。部分配套技術的發(fā)展也不均衡，比如飼料品質(zhì)普遍較差，營養(yǎng)轉移效率低且不穩(wěn)定，增加了設施系統(tǒng)的處理負荷，導致綜合效益下降。因此，需要針對工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的系統(tǒng)條件，研究發(fā)展配套的養(yǎng)殖技術。
水體的鹽度和硬度都能達到飽和進而析出，所以必須在系統(tǒng)內(nèi)部放置植物?？梢栽谒w內(nèi)放置水葫蘆、空心菜、浮萍等，也可以在硝化池種蔬菜比如西紅柿樹、地瓜樹、西瓜、土豆，矮化的果樹也是可以的。在水池內(nèi)放置水葫蘆則需要注意不能被魚吃掉了。這樣植物還會遮光，避免魚被日光照射，同時還能收獲大量蔬菜和魚食。整個系統(tǒng)是需要日光的，一來是植物光合作用消耗肥水無機鹽，再就是給水體加溫，應盡可能的加大日光采集。