Protein AG免疫沉淀外包公司

來源： 發(fā)布時間：2024-07-29

ChIP（染色質(zhì)免疫沉淀）實驗是一種用于研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的技術(shù)。以下是ChIP實驗的實驗設(shè)計概述：
1. 目標蛋白的選擇：確定您想要研究的目標蛋白，例如特定的轉(zhuǎn)錄因子或組蛋白修飾。
2. 樣本的準備：根據(jù)研究的需要選擇合適的細胞或組織樣本。
3. 抗體的選擇：選擇具有高特異性和親和力的抗體，這對于實驗的成功至關(guān)重要。
4. 交聯(lián)：使用甲醛等交聯(lián)劑將蛋白質(zhì)與DNA在體內(nèi)共價結(jié)合，形成穩(wěn)定的蛋白質(zhì)-DNA復合物。
5. 細胞裂解：裂解細胞以釋放染色質(zhì)，同時保持蛋白質(zhì)-DNA復合物的完整性。
6. 染色質(zhì)的剪切：通過超聲或酶消化將染色質(zhì)剪切成適當大小的片段，通常在200-1000 bp之間。
7. 免疫沉淀：使用特定抗體與目標蛋白結(jié)合，然后利用蛋白A/G磁珠沉淀復合物。
8. 洗滌和洗脫：洗滌沉淀物以去除未特異性結(jié)合的蛋白質(zhì)和DNA，然后洗脫目標蛋白-DNA復合物。
9. 逆轉(zhuǎn)交聯(lián)：使用蛋白酶K處理樣品以逆轉(zhuǎn)交聯(lián)，釋放DNA。
10. DNA的純化和分析：純化DNA并使用qPCR、芯片或測序技術(shù)（如ChIP-seq）進行分析。
免疫沉淀技術(shù)IP的實驗設(shè)計。Protein AG免疫沉淀外包公司

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免疫沉淀技術(shù)（Immunoprecipitation, IP）的實驗步驟通常包括以下幾個關(guān)鍵環(huán)節(jié)：
1. 細胞裂解：首先需要收集細胞并裂解它們，以釋放細胞內(nèi)的蛋白質(zhì)。這通常通過添加含有蛋白酶抑制劑的裂解緩沖液來完成，以防止蛋白質(zhì)降解。
2. 裂解物上清：裂解后的細胞混合物通常需要通過離心來去除未破碎的細胞碎片和未裂解的細胞，從而獲得上清。
3. 抗體的添加：將特定于目標蛋白的抗體加入到裂解物中。這些抗體將特異性地結(jié)合到目標蛋白上。
4. 免疫復合物的形成：抗體與目標蛋白結(jié)合形成免疫復合物。
5. 免疫復合物的捕獲：使用Protein A/G結(jié)合的磁珠來捕獲免疫復合物。
6. 洗滌：捕獲免疫復合物后，需要用裂解/洗滌緩沖液多次洗滌，以去除未結(jié)合的蛋白質(zhì)和其他污染物。
7. 洗脫：免疫復合物可以通過加入SDS樣品緩沖液進行洗脫，這將導致抗體和抗原變性并從珠子上釋放下來，或者使用低pH緩沖液進行溫和洗脫，以保持蛋白質(zhì)的天然構(gòu)象。
8. 分析：洗脫后的樣品可以通過SDS-PAGE凝膠電泳、Western blot等方法進行分析，以驗證目標蛋白的存在和狀態(tài)。
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ChIP（染色質(zhì)免疫沉淀）實驗是一種強大的技術(shù)，用于研究蛋白質(zhì)與DNA之間的相互作用，尤其是在轉(zhuǎn)錄調(diào)控、DNA修復、復制以及表觀遺傳學領(lǐng)域。然而，像所有實驗技術(shù)一樣，ChIP實驗也有其優(yōu)點和缺點。
ChIP實驗的優(yōu)點：
1. 體內(nèi)反應(yīng)的反映：ChIP提供了一種在體內(nèi)研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的方法，能夠真實、完整地反映結(jié)合在DNA序列上的靶蛋白的調(diào)控信息。
2. 全基因組覆蓋：ChIP技術(shù)可以覆蓋整個基因組，提供關(guān)于蛋白質(zhì)-DNA相互作用的視圖。
3. 適用于多種蛋白質(zhì)：ChIP可以用來研究組蛋白修飾、轉(zhuǎn)錄因子以及其他DNA結(jié)合蛋白。
ChIP實驗的缺點：
1. 實驗步驟繁瑣。
2. 需要大量起始材料：ChIP實驗通常需要大量的細胞或組織作為起始材料。
3. 交聯(lián)的影響：使用交聯(lián)劑可能會改變蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，從而影響抗體的識別和蛋白質(zhì)-DNA的相互作用。
4. 染色質(zhì)碎裂的分辨率：染色質(zhì)碎裂的效率和分辨率直接影響ChIP的準確性，需要優(yōu)化以獲得結(jié)果。
5. 抗體質(zhì)量：抗體的質(zhì)量對實驗結(jié)果至關(guān)重要，但高質(zhì)量、特異性強的抗體可能難以獲得或成本較高。

免疫沉淀技術(shù)的實驗方法通常包括以下步驟：
1. 樣本準備
2. 細胞裂解：使用裂解緩沖液（含有蛋白酶抑制劑以防止蛋白質(zhì)降解）裂解細胞，釋放蛋白質(zhì)。
3. 蛋白質(zhì)濃度測定：使用BCA、Bradford或Lowry等方法測定裂解液中蛋白質(zhì)的濃度。
4. 抗體預(yù)處理：如果使用預(yù)固定的抗體，需先將抗體固定在固相支持物上，如瓊脂糖珠或磁性微珠。
5. 免疫沉淀反應(yīng)：將裂解液與特異性抗體（固定或未固定）混合，并在4°C下緩慢搖晃孵育過夜，以允許抗體與目標蛋白質(zhì)充分結(jié)合。
6. 固相支持物的回收：對于未固定的抗體，加入與抗體特異性結(jié)合的蛋白A或蛋白G結(jié)合的固相支持物。
7. 洗滌：去除未結(jié)合的蛋白質(zhì)和雜質(zhì)，通常需要多次洗滌固相支持物。
8. 洗脫：使用適當?shù)南疵摼彌_液（如加熱的SDS加載緩沖液或酸性緩沖液）從固相支持物上洗脫免疫復合物。
9. 后續(xù)分析：對洗脫的蛋白質(zhì)進行SDS-PAGE電泳、Western Blot、質(zhì)譜分析等，以進一步分析目標蛋白質(zhì)。
10. 對照實驗：包括正對照（已知能沉淀目標蛋白的抗體）和負對照（非特異性抗體或無抗體）以驗證實驗的特異性。
免疫沉淀技術(shù)ChIP的實驗設(shè)計。

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免疫沉淀技術(shù)RIP（RNA Immunoprecipitation，RNA免疫沉淀）是一種用于研究細胞內(nèi)RNA與蛋白質(zhì)相互作用的技術(shù)。RIP技術(shù)可以幫助我們了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的動態(tài)過程，并發(fā)現(xiàn)miRNA等非編碼RNA的調(diào)節(jié)靶點。
RIP技術(shù)的原理是利用針對特定RNA結(jié)合蛋白的抗體，將細胞內(nèi)的RNA-蛋白質(zhì)復合物沉淀下來。然后，可以通過分離純化，對這些復合物中的RNA進行檢測，如qPCR驗證或測序分析。
表觀遺傳學和RNA生物學領(lǐng)域?qū)Σ煌琑NA作用和功能的關(guān)注增加。RNA-蛋白質(zhì)相互作用能夠調(diào)控mRNA和非編碼RNA的功能。對RNA潛能的這一新認識帶動了新方法的發(fā)展，使研究人員能夠定位 RNA-蛋白質(zhì)相互作用。
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免疫沉淀純化所得抗原純度低一般有多種原因：
1. 非特異性蛋白污染
如果洗脫所得抗原純度較低，則有幾種方法可以進行優(yōu)化。在結(jié)合或洗滌緩沖液中加入去污劑或其他可以降低非特異性結(jié)合的組分。使用普通微珠預(yù)純化樣本還可以降低非目標分子的共純化。此外，還可以使用無關(guān)蛋白 (如BSA) 封閉微珠 。
2. 抗體污染
使用蛋白A、G或A/G的經(jīng)典免疫沉淀實驗中會出現(xiàn)抗體與抗原共洗脫的情況。如果共洗脫會影響下游分析，則需要使用抗體通過共價連接固定至微珠的方法進行實驗，如Pierce 直接 IP 或交聯(lián) IP 的形式。
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